He modificado los archivos que daban soporte RGBA para Nautilus 2.24.1 ajustandolos para la reciente versión de Nautilus 2.26.1
Los pasos son los mismos que salen en la guia enlazada mas arriba, solo han sido modificados los archivos que deben ser reemplazados en la carpeta “src” de las fuentes de Nautilus 2.26.1
INSTALACIÓN:
1) Instalar gtk-engine-murrine, ya sea compilando la SVN o instalandola desde los repositorios de tu distribución. Ademas de algunos Temas Murrine con soporte RGBA.
2) Bajar las fuentes de Nautilus 2.26.1 de:
http://ftp.acc.umu.se/pub/GNOME/sources/nautilus/
3) Descargar NAUTILUS 2.26.1 RGBA SUPPORT y extraer su contenido en la carpeta “src” de las fuentes de nautilus (reemplazar los archivos).
4) Remover la version actual de nautilus que tengas instalado.
5) Compilar nautilus con los metodos convencionales:
$ ./configure
$ make
# make install
(si usas debian/ubuntu, instala las dependencias de desarrollo para nautilus haciendo un
$ sudo apt-get build-dep nautilus
antes de hacer el ./configure)
6) Reiniciar Nautilus.
Y listo. Espero que a muchos les sirva.
OBSERVACIONES:
1) Siempre existió un bug con estos parches, ya que la “patita” de gnome que sale en la parte superior derecha de nautilus, la rodea un cuadro de color algo gris. Peor aún, Gnome 2.26 ya no tiene la patita en nautilus, asi que el cuadro ese, se nota más (yo aplique un Icon Theme, editado a la vez, para que salga un ícono).
2) Al menos yo, perdí el acceso a traves de Nautilus cuando abria algun marcador del menu “Lugares”, se abrian con otro programa. Solución: mantuve el paquete nautilus de mi distribución e instale las fuentes compiladas encima.
3) Posiblemente no funcione en tarjetas NVIDIA (al menos eso sale en la pagina original, no lo se)
4) Todo lo mencionado en esta guía requiere obviamente tener activado Composite.
DESINSTALACIÓN:
Para remover lo instalado con make install, situate en la carpeta de las fuentes compiladas y haz un make uninstall
Agradecimientos a los autores originales que hicieron esto posible (CIMI, Zniavre y algalord)

Me suena mas seguro un checkinstall en vez de un make install y ponerle que reemplaza al paquete nautilus i viola!, me funciono
.
En cuando solucione el problema con ftp subo el deb.
hola, he seguido los pasos y mi problema empieza al escribir en la terminal el make, me manda un error y no me deja continuar con la instalacion. parte de lo que me sale es lo siguiente, espero me puedas ayudar
nautilus-bookmark.c:630: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘{‘ token
nautilus-bookmark.c:637: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘{‘ token
nautilus-bookmark.c:67: error: parameter name omitted
nautilus-bookmark.c:68: error: parameter name omitted
nautilus-bookmark.c:639: error: expected ‘{‘ at end of input
make[2]: *** [nautilus-bookmark.lo] Error 1
make[2]: se sale del directorio `/home/jocker/nautilus-2.24.1/libnautilus-private’
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: se sale del directorio `/home/jocker/nautilus-2.24.1′
make: *** [all] Error 2
saludos:)
baja las fuentes del 2.26.1 o superior (superior si es que es compatible) puede que ahi este el error, ya que estas tratando con las sources del 2.24
muchas gracias jxnet, tenias rason tenia que utilizar las fuentes 2.26.1, ya todo quedo solucionado.